el problema con los mkv que no se leen, es cierta codificacion que esta mal hecha,(el encabezado, del archivo) solo debes recodificar demora 3 minutos como maximo, dependiendo del tamaño del archivo, uno de 8gb demora 1, 1/2 minutos en recodificar
[img]http://www.mediasmartserver.net/blog/wp-content/uploads/2010/08/mkv-header-compression.jpg[/img]
y con eso no deberias tener mas problemas , y no importa el tamaño del archivo